أقدم سليمان الحلبي على اغتيال الجنرال كليبر في الرابع عشر من يونيو ١٨٠٠ فتولى القيادة الجنرال جاك مينو وتعاون يعقوب مع بعض المسلمين لجمع الأموال للفرنسيين.
ووصل القهر بسكان القاهرة والقرى بأن من يعجز عن دفع المال يسجن وتغتصب نساء بيته على يد عساكر الفرنسيين وعندما قرر الفرنسيون الإنسحاب من مصر عام ١٨٠١ ذهب معهم يعقوب إلى فرنسا أما الفيلق القبطي فقد تفرق وعادوا إلى بلادهم.
أصدر السلطان العثماني عفو عام عن جميع المصريين الذين تعاونوا مع المحتل من المسلمين والمسيحيين والشوام واليهود وصيانة أموالهم وأعراضهم وعاد الأقباط إلى أعمالهم في الماليات والحسابات وإمساك الدفاتر المالية في الإدارات العثمانية في مصر.
ويشير لويس عوض في كتابه تاريخ الفكر المصري الحديث إلى أن محاولة المعلم يعقوب هي أول محاولة لإستقلال مصر عن الدولة العثمانية وأنه ذهب إلى فرنسا كي يفاوض على فصل مصر عن الدولة العثمانية تحت قيادته ومعه الفيلق القبطي لقتال المماليك والعثمانيين.
وأن كل ما يحتاجه هو السلاح الحديث والخبراء للتدريب والمساندة الدولية ولكن إذا عدنا قليلا لمنتصف القرن الثامن عشر سنجد أن هناك حركتان للاستقلال الحقيقي بمصر عن سيادة الدولة العثمانية وقادها شيخ العرب همام الذي استقل بصعيد مصر من المنيا حتى جنوب مصر.
