قد يكون موقف الدولة العثمانية متناقضا من أهل الذمة فالدولة العثمانية وهي الدولة التي تدعي تزعم المسلمين لم تعمل على نشر الإسلام أو الدعوة إليه بينما وقفت معادية لأهل الذمة فقد تعرضوا للاضطهاد في التعامل مع الدولة وقد ترتب على هذا الاضطهاد عزلة طوائف أهل الذمة في أحياء خاصة في مدن أو مناطق جغرافية معينة.
تزايدت عزلتهم عن المجتمع العثماني وضعف ولائهم للسلطة العثمانية ونما شعورهم القومي الأمر الذي هدد تماسك الدولة والحفاظ على قوة المجتمع واشعال نيران الفتنة إلى ابادة كاملة متبادلة بين المسلمين وغير المسلمين في بعض القرى والمدن.
كما أدت لهجرات متبادلة للسكان المسيحيين والمسلمين فنزح ٢مليون من الأقليات الإسلامية من مناطق الصراعات الطائفية في البلقان وعدد ٣مليون من الأقليات المسيحية من الأناضول في تركيا إلى أوروبا حدث ذلك في القرن التاسع عشر.
ولاشك أن الصراعات الطائفية داخل الدولة فقد أدت إلى تعاطف المسيحيين في أوروبا مع المسيحيين في الدولة العثمانية فساعدوهم بالمال والسلاح مما أدى إلى ارهاق وانهاك الدولة ومواردها الاقتصادية.
على كل حال فإن الدول الأوروبية المسيحية رفضت اضطهاد الدولة العثمانية للمواطنين فأرسلت البعثات التبشيرية إلى الدولة للدعوة ولم تحاول هذه البعثات التبشيرية الإقتراب أو دعوة المسلمين إلى الدخول إلى المسيحية مطلقاً كما زعمت الدولة العثمانية.
