غادر نابليون بونابرت مصر عام ١٧٩٩ وأصبح قائد الحملة الجنرال كليبر الذي كان يسعى للإنسحاب من مصر كان يرى أن الحملة فشلت في مقاومة الشعب المصري العنيد وسعى لإبرام معاهدة العريش ونقض العثمانيون المعاهدة.
دارت المعارك بين الفرنسيين والعثمانيين انتصر فيها كليبر في عين شمس عام ١٨٠٠ ووقع كليبر اتفاقية سلام مع مراد بك في الصعيد على أن يحكم مراد بك الصعيد من سوهاج حتى اسوان على أن يوفر المؤن والحماية للقوات الفرنسية.
كذلك فعل عثمان البرديسي وحسين كاشف من كبار المماليك استطاع كليبر أن يزرع الفتنة بين المسلمين والمسيحيين وجعل يعقوب يحرض المسيحيين ضد المسلمين في ثورة القاهرة الثانية بعد معركة عين شمس.
أجبر المسلمين على دفع الضرائب وكلف يعقوب يجمعها والقرية التي تعجز عن الدفع يبدأ فيها بالسلب والنهب والضرب وشكل يعقوب فرقة عسكرية مدربة ومسلحة عرفت باسم الفيلق القبطي لمحاربة المماليك والعثمانيين حتى بحصل على استقلال مصر عن الدولة العثمانية الاحتلالية.
هذه الفرق العسكرية القبطية جمعها يعقوب من شبان الأقباط وأقام قلعة كبيرة في الأزبكية لسكن الفرقة وكانت ملابسهم تشبه عساكر الفرنسيين وحصل يعقوب على رتبة اللواء من قائد الحملة الجنرال كليبر.
