اذا حدث خلاف أو نزاع بين جهة الإدارة أو الأفراظ حول تقريؤ الضرائب أو الاقرارات التي يقدمها الممولون فلا تختص محاكم الأقاليم والمحكمة الاستئنافية بنظرها ومن ثم فقد شكلت محكمة خاصة تتكون من كبار موظفي ديوان المالية وبرئاسة حاكم الإقليم لفض هذا النزاع وكانت قرارات هذه المحكمة تستأنف أمام محكمة خاصة تتكون من كبار رجال القضاء في العاصمة.
المحاكم الاستثنائية:
عرفت مصر هذا النوع من المحاكم وهي المحاكم التي لا تخضع في اختصاصتها وتشكيلها وإجراءاتها للقواعد العامة وإنما هي محاكم تشكل للنظر في موضوع معين وتنتهي بإصدار الحكم في هذا الموضوع.
وقد لجأ الفراعنة إلى هذا النوع من المحاكم للفصل في دعاوي خاصة نظراً لأهميتها وغالباً ما تشكل هذه المحاكم للفصل في دعاوي تتعلق بمؤامرات لقلب نظام الحكم في الدولة وكان يتولى القضاء في هذه المحاكم من يختاره الملك.
قضاء التحكيم
اذا كان الفصل بين الخصوم وظيفة من وظائف الدولة إلا أن اختصاص القضاء لم يكن اجبارياً في جميع المنازعات التي تثور بين الأفراد بل يجوز للمتخاصمين أن يتفقا على استبعاد اختصاص المحاكم في بعض الخلافات وأن يعرضا نزاعهما على محكمين وذلك بمقتضى اتفاق ميعن يتحدد به عدد المحكمين وموضوع النزاع والاجراءات الواجب اتباعها وطبيعة الجزاء الذي يجوز لهم توقيعه والحكم الذي يصدر من المحكمين يكون نهائياً قابلاً للتنفيذ الفوري دون حاجة لعرضه على القضاء.