فشلت أفكار نابليون بونابرت الاستعمارية الحديثة فالأفعال متناقضة مع الأقوال وانطلقت الصيحات من المساجد تحرض المصريين على القتال قاد علماء الأزهر كعادتهم مقاومة الغزو الأجنبي.
تحول القتال إلى الشوارع والحارات في الإسكندرية عندما وصلت القوات الفرنسية للمدينة في يوليو ١٧٩٨وأمر بونابرت باعدام محمد كريم حاكم المدينة وزعيم تجارتها.
تقدمت القوات الفرنسية للقاهرة في يوليو من نفس العام، فانتصرت في معركة امبابة على قوات المماليك العسكرية المنهارة في معركة صورية بين السيف والمدفع بين جيوش العصور الوسطى في مصر وبين الجيش الفرنسي الأوروبي الحديث في السلاح والمعدات والخطط والفكر.
تحولت فرق المماليك إلى فلول هاربة إلى الصعيد والشرقية تفاوض علماء الازهر على تسليم القاهرة إلى بونابرت بشرط حماية الأرواح والأعراض والممتلكات ودخل نابليون وجيشه القاهرة منتصرا على المماليك والعثمانيين.
بعدما رفض الشعب المصري منشورات نابليون لأن مفهوم الحرية متناقض من الاحتلال كما رفض المساواة التي يفرضها الاحتلال الاجنبي بقوة السلاح، ورفض الخداع باسم الدين الذي استخدمه نابليون بمنشوراته ولم يكم الفلاح المصري ساذجا للدرجة التي تصورها صاري العسكر بونابرت.